Вейлонеллы относятся к основным резидентным микроорганизмам тонкой кишки а также к наиболее распространенным и физиологически значимым бактериям толстой кишки человека. Вейлонелла часто обнаруживается в ротовой полости здоровых людей. . В норме у взрослого человека в полости рта в титре содержится 10²–10⁸ КОЕ/г вейлонелл. В слюне вейлонеллы (в которую они попадают главным обра­зом со спинки языка) по своей численности уступают только стрептококкам. Вейлонеллы в норме присутствуют в урогенитальном тракте 5–25 % женщин.

Согласно современным представлениям, бактерии рода Veillonella относятся к основной резидентной микрофлоре желудка здорового человека, при условии отсутствия в нём Helicobacter pylori в доминирующем количестве

Те же самые виды вейлонелл, которые в одной ситуации нормально сосуществуют c организмом-хозяином, в другой могут вызывать различные заболевания человека.

Вейлонелла относится к так называемым кариесогенным микроорганизмам, которые избирательно накапливаются на поверхностях зубов, наиболее часто поражающихся кариесом (области фиссур и межзубные поверхности), образуя зубные бляшки. По данным Bowden велонеллы (в основном вид veillonella parvula) составляют 6 % от всей микрофлоры зубных бляшек. Кариесогенность вейлонелл определяется выработкой им больших количеств молочной кислоты в присутствии углеводов, что приводит к повышению проницаемости эмали, кислотному растворению эмали в наименее устойчивых участках с последующим проникновением кислот в подповерхностный слой эмали и ее деминерализацией. Дальнейшее образование органических кислот на поверхности эмали усиливает процессы деминерализации, что приводит к образованию микрополостей в эмали, заполненных микроорганизмами и продуктами их метаболизма. Микрофлора зубной бляшки, в том числе велонелла, играет важную роль в развитии пародонтита — воспалительного процесса в тканях пародонта.